1991年2月10日在楠梓區惠民里創設，初由精兵團員翁受津長老會同三一教會莊秀瓊姐妹，借用莊雪所長(後為本會長老)的愛心托兒所教室聚會，每週末在托兒所向幼童和社區兒童講聖經故事、教唱詩歌。之後，此項宗教課經常由莊雪所長和莊秀瓊老師擔任，繼由台南神學院學生王福祥先生主持每主日禮拜講道，當時只有二戶會友家庭。
1991年6月由范義和長老繼任工作，同年7月28日遷租青埔街158號房屋聚會，又同年12月經中會開設禮拜，歸屬壽山中會為第63間的教會，並由傳道部委派范義和長老為囑託傳道牧養惠民教會工作，同時隸屬為保忠教會支會，由中會傳道部和保忠母會支助教會經費。不久，改租青埔街163號禮拜聚會。
教會事工在范義和傳道和委員(長執)同心協力的牧養漸有進步，於1996年以680萬元購買埔街161號現址民房為禮拜地點，加上改建200萬元共900多萬元完成新的禮拜堂，於2000年6月10日由中會中委來主持獻堂感恩禮拜，此項購堂大部分經費由范義和傳道在各教會努力募款始得完成。范義和傳道於2001年7月底離任，2001年9月1日黃賜郎牧師繼任，之後又有陳玫君傳道師、吳建德傳道師接續宣教的任務。
2010年6月29日壽山中會第39屆第三次議會，通過本會「升格為堂會」案，8月22日監選通過聘吳麗兒牧師為惠民教會首任牧師，11月21日就任。2015年在吳牧師和莊雪長老的推動下，於社區開辦「旺得福俱樂部」長者事工。五年多來，風雨無阻 ( 2021年後因新冠狀肺炎疫情關係暫停 )。因教會場地有限，深感長期租借社區活動中心非長遠之計，並盼望在在其他各方面事工都能擴展，於是決定購地。感謝主，得著屏山、新興、左營、潮寮、鼎金、橋頭、新生、大順共八間教會無息借款1,700萬(至2026年底前分年攤還)，加上教會原有180萬，合計共1,880萬，以每坪25萬元購得楠梓段二小段205-1地號，地坪240平方公尺(約72.6坪)之土地，於2021年2月26日完成過戶，並開始至各教會募款。
至2022年2月止共得著向17間教會募款，後因教會核心同工對於建堂及募款無共識， 2月底起暫停募款行程。2月21日小會員穆秀燕長老因病安息主懷；3月6日吳麗兒牧師、吳豐仁長老請辭，吳牧師任期至4月30日止。乃由壽山中會銓派中委牧師復興教會李進雄牧師5月1日起為本會小會議長，總委長老謝明勳長老、中會會計黄健栓長老為小會員，於4月24日下午完成交接。李進雄牧師接任後，開始協助向各教會申請募款，5月份起委由王麗琇傳道師帶領前往募款禮拜，並自7月1日起每禮拜四晚上禱告會至禮拜日主日禮拜、教會活動結束，協助本會事工及關懷會友。自5月至2022年12月止，共又前往20間教會為建堂購地募款及義賣。
(文由2023惠民教會和會手冊)